สมเด็จพระสังฆราช เป็นตำแหน่งที่มีมานานแล้ว ตั้งแต่สมัยกรุงสุโขทัย ดังมีหลักฐานจากศิลาจารึก ของพ่อขุนรามคำแหงมหาราช ได้จารึกคำว่าสังฆราชไว้ด้วย
สมเด็จพระสังฆราชสกลมหาสังฆปรินายก เป็นตำแหน่งสมณศักดิ์สูงสุดฝ่ายพุทธจักรของคณะสงฆ์ไทย ทรงเป็นประธานการปกครองคณะสงฆ์ ตำแหน่งนี้น่าจะมีที่มาจากคณะสงฆ์ไทย นำแบบอย่างมาจาก ลัทธิลังกาวงศ์ ซึ่งพ่อขุนรามคำแหงมหาราช ได้ทรงอัญเชิญพระเถระผู้ใหญ่ของลังกา ที่เชี่ยวชาญในพระไตรปิฎก เข้ามาเผยแผ่พระพุทธศาสนาฝ่าย เถรวาทในประเทศไทย
ในสมัยกรุงศรีอยุธยา ได้เพิ่มตำแหน่งสมเด็จพระสังฆราชเป็น สกลมหาสังฆปรินายก มีอำนาจว่ากล่าวออกไปถึงหัวเมือง โดยมีพระสมเด็จพระพุทธโฆษาจารย์ เจ้าคณะใหญ่ฝ่าย คามวาสี เป็นสังฆราชขวา สมเด็จพระวันรัตเจ้าคณะฝ่ายอรัญวาสี เป็นสังฆราชซ้าย องค์ใดมีพรรษายุกาลมากกว่า ก็ได้เป็นพระสังฆราช ในปลายสมัยกรุงศรีอยุธยา พระอริยมุนี ได้ไปสืบอายุพระพุทธศาสนาที่ลังกาทวีป มีความชอบมาก เมื่อกลับมาได้รับสมณศักดิ์สูงขึ้นตามลำดับจนเป็นสมเด็จพระสังฆราช พระเจ้าเอกทัศน์มีพระราชดำริให้คงราชทินนามนี้ไว้ จึงทรงตั้งราชทินนามสมเด็จพระสังฆราชเป็น สมเด็จพระอริยวงศาสังฆราชาธิบดี และมาเป็น สมเด็จพระอริยวงศาญาณ ในสมัยกรุงธนบุรี และได้ใช้ต่อมาจนถึง รัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้า ฯ จึงได้ทรงปรับปรุงเพิ่มเติมเป็น สมเด็จพระอริยวงศาคตญาณ ซึ่งได้ใช้มาจนถึงปัจจุบัน
ตามทำเนียบสมณศักดิ์ตั้งแต่ครั้งกรุงศรีอยุธยา ที่มีตำแหน่งสังฆปรินายก 2 องค์ ที่เรียกว่า พระสังฆราชซ้าย ขวา ดังกล่าวแล้ว ยังมีคำอธิบายอีกประการหนึ่งว่า สมเด็จพระอริยวงศ์ เป็นพระสังฆราชฝ่ายขวาว่า คณะเหนือ พระพนรัตน์เป็นพระสังฆราชฝ่ายซ้ายว่า คณะใต้ มีสุพรรณบัตรจารึกพระนามเมื่อทรงตั้งทั้ง 2 องค์ แต่ที่สมเด็จพระพนรัตน์ โดยปกติไม่ได้เป็นสมเด็จ ส่วนพระสังฆราชฝ่ายขวานั้นเป็นสมเด็จทุกองค์ จึงเรียกว่าสมเด็จพระสังฆราช จึงเป็นมหาสังฆปรินายก มีศักดิ์สูงกว่าพระสังฆราชฝ่ายซ้าย ที่พระพนรัตน์แต่เดิม ทรงยกเกียรติยศเป็นสมเด็จแต่บางองค์ มาในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย จึงเป็นสมเด็จทุกองค์
เมื่อครั้งกรุงสุโขทัยเป็นราชธานี วิธีการปกครองพระราชอาณาจักรในครั้งนั้น หัวเมืองใหญ่ที่ห่างไกลจากราชธานี เป็นเมืองประเทศราชโดยมาก แม้เมืองใหญ่ที่อยู่ใกล้ราชธานี ก็ตั้งเจ้านายในราชวงศ์ออกไปครอง ทำนองเจ้าประเทศราช เมืองใหญ่แต่ละเมือง จึงน่าจะมีสังฆราชองค์หนึ่ง เป็นสังฆปรินายกของสังฆบริษัทในเมืองนั้น ดังปรากฎเค้าเงื่อนในทำเนียบชั้นหลัง ยังเรียกเจ้าคณะเมืองว่าพระสังฆราชอยู่หลายเมือง จนมาถึงรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้า ฯ จึงได้ทรงเปลี่ยนมาเป็นสังฆปาโมกข์
พระสงฆ์ฝ่ายคามวาสีและอรัญวาสีนี้มีมาแต่ครั้งพุทธกาล คือฝ่ายที่พำนักอยู่ใกล้เมืองเพื่อศึกษาพระธรรมวินัย เรียกว่า คามวาสี อีกฝ่ายหนึ่งบำเพ็ญสมณธรรมในที่สงบเงียบตามป่าเขา ห่างไกลจากบ้านเมืองเรียกว่า อรัญวาสี ภิกษุ แต่ละฝ่ายยังแบ่งออกเป็นคณะ แต่ละคณะจะมีพระราชาคณะปกครอง หัวหน้าพระราชาคณะเรียกว่า สมเด็จพระราชาคณะ
แบบแผนการปกครองคณะสงฆ์ของไทย เริ่มจัดวางหลักตั้งแต่สมัยกรุงสุโขทัย มีการพัฒนาเพิ่มเติมใน สมัยกรุงศรีอยุธยาและต่อมาในสมัยกรุงรัตนโกสินทร์ ก็ได้มีการปรับปรุงเปลี่ยนแปลงบ้างเล็กน้อยมาตามลำดับ จนถึงรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระปกเกล้า ฯ การปกครองคณะสงฆ์ก็ยังจัดโดยมีตำแหน่งเปรียบเทียบดังนี้
สกลสังฆปรินายกได้แก่สมเด็จพระสังฆราช
มหาสังฆนายก ได้แก่เจ้าคณะใหญ่
สังฆนายก ได้แก่เจ้าคณะรอง
มหาสังฆปาโมกข์ได้แก่เจ้าคณะมณฑล
สังฆปาโมกข์ ได้แก่เจ้าคณะจังหวัดที่เป็นพระราชาคณะ
สังฆวาห ได้แก่เจ้าคณะจังหวัดที่เป็นพระครู
ในสมัยพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้า ฯ ได้โปรดเกล้า ฯ ให้สถาปนาเปลี่ยนคำนำพระนามพระบรม ราชวงค์ผู้ดำรงสมณศักดิ์ในตำแหน่งสมเด็จพระสังฆราชขึ้นใหม่ว่า สมเด็จพระมหาสมณเจ้า ทรงเศวตฉัตร 5 ชั้น พระราชวงค์ชั้นรองลงมา เท่าที่ปรากฎ มีชั้นหม่อมเจ้าผู้ได้รับสถาปนาเป็นสมเด็จพระสังฆราช มีคำนำหน้า พระนามว่า สมเด็จพระสังฆราชเจ้า ทรงฉัตร 5 ชั้น
ตามพระราชบัญญัติคณะสงฆ์ พุทธศักราช 2505 ได้บัญญัติถึงตำแหน่งสมเด็จพระสังฆราชได้ว่า ในกรณีตำแหน่งสมเด็จพระสังฆราชว่างลง ให้รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการประกาศนาม สมเด็จพระราชาคณะ ที่มีอาวุโสสูงสุดโดยพรรษา เพื่อปฎิบัติหน้าที่ในตำแหน่งสมเด็จพระสังฆราช จากนั้นรัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ นำพระนามสมเด็จพระราชาคณะ 4 รูป คือ สมเด็จพระมหาวีรวงศ์ สมเด็จพระวันรัต สมเด็จพระพุทธโฆษาจารย์ และ สมเด็จพระพุฒาจารย์ เสนอนายกรัฐมนตรี เพื่อนำเข้าที่ประชุมคณะรัฐมนตรี แล้วนำกราบถวายบังคมทูล ให้พระมหากษัตริย์ทรงวินิจฉัย และจะมีพระบรมราชโองการโปรดเกล้า ฯ สถาปนาสมเด็จพระราชา
